研发中心成立于2014年，2016年公司获批设立博雅生物博士后科研工作站，并聘请复旦大学教授，中国工程院院士-陈芬儿为首席科学家，与复旦大学签订合作协议，共建“复旦-博雅制药工程联合实验室”。
研发中心设有与生产制造紧密相关的研发平台，包括化学合成、微生物、制剂、天然化合物等领域，有合成部、产品信息中心、分析检测中心、微生物控制中心、申报部，各研发平台均建有研发实验室与中小规模的试制车间，为新产品、新工艺开发到产业化提供无缝对接。
公司除了在本部建有研发中心外，在上海与复旦大学建有“复旦-博雅制药工程联合实验室”。产品涉及心血管、抗肿瘤、糖尿病、抗抑郁症、抗菌药、前列腺等多个治疗领域。
在产品的研究开发中不仅依靠自身力量，还广泛开展与国内外大学或研究机构合作，如清华大学、中国人民解放军军事医学院、中国药检、南昌大学、江西中医药大学、江西中医药高等专科学校等。
以市场为导向，立足医药事业发展，不断增强研发中心的重要作用。
